晴朗时节，年少江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、年少小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
保罗安卡
回复 :虽然七海春歌（泽城美雪 配音）从来没有接受过音乐相关的教育，但是，从小和热爱音乐的祖母一同生活的经历让她拥有了瞬间读懂乐谱的超强天赋。为此，春歌进入了音乐界同仁趋之若鹜的早乙女学院，开始了对于音乐的学习与探索。在学员中，春歌并没有成为最闪耀的明日之星，但她善良又单纯的个性吸引了众人的目光。活泼开朗的一十木音也（寺岛拓笃 配音）总是在春歌困难之际伸出援手；虽然身为大财团之子，但圣川真斗（铃村健一 配音）外冷内热的个性其实十分可爱；天才演奏家四之宫那月（谷山纪章 配音）有着不为人知的秘密。此外，还有诸多闪耀着光辉的男子聚集在春歌的身边，春歌要做的，就是尽快和他们其中的一员组成一支超人气乐队。春歌能够成功吗？让我们拭目以待。
黄凯琪
回复 :东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
雷查尔斯
回复 :铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
