故事发生在一个名为楢崎町的小镇上，功夫狗第这是一个拥有着神秘魔法力量的神奇小镇，功夫狗第在小镇的天空中，永远都挂着一道绚丽的彩虹，而在传说中，神明会实现居住在这个小镇里的人们每人一个愿望。天海春彦（泰勇气 配音）是从小到大都生活自镇上的青年，一天，班上来了一个名为深峰莉子（清水爱 配音）的转校生，让春彦没有想到的是，这个女孩竟然是自己的义妹，他们在年龄很小的时候分开了，想不到命运的红线令两人于此时此刻重逢。莉子的出现让春彦的青梅竹马木之坂雾乃（宫崎羽衣 配音）感到了强烈的危机感，她一直默默的喜欢着春彦。
卢广仲
回复 :为了安抚伤心的碧波，艾丽娜给她讲了一个故事。蝴蝶仙子曼瑞莎是家中最小的女儿，和两个姐姐以及好友薇拉在一起，曼瑞莎的日子过得自在又快乐。某日，寄给了曼瑞莎一张地图，他告诉曼瑞莎，女王被奸人所害，而自己遭到了软禁，能够拯救他们的，唯有曼瑞莎一人，就这样，在两个姐姐的陪伴下，曼瑞莎踏上了冒险的旅途。很快，曼瑞莎就发现了毒害女王的罪魁祸首——仙子汉娜。曼瑞莎先是救出了王子，之后又得到了能够替女王解毒的神奇花朵。就这样，艾丽娜又一次的凭借着自己的勇气和智慧换回了展翅镇的安宁，而作恶多端的汉娜亦得到了应有的惩罚。
施教日
回复 :一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……
阿穆隆
回复 :铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
