岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，夏日一周后，夏日玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。”
何平
回复 :战斗机飞行员函南优一（加濑亮配音）来到基地报道，等待他的是全新的生活环境与熟悉的飞行战斗。在这里，函南优一遇到了各式各样的战友，与不苟言笑的长官草薙水素（菊地凛子配音）。函南优一获得了一架新战斗机，但是，基地里的战友们都对战斗机的前任驾驶员缄默不语。于是函南优一开始留意相关的消息，他渐渐知道，前任驾驶员已经去世，而事件本身与草薙水素有莫大的关系。随着调查的深入，函南优一逐渐发现惊人的真相，而他每天与敌人的战斗，似乎也隐藏着他不知道的意义。
徐清原
回复 :在步上与现实有着微妙差异历史的现代日本。那里存在着七位拥有巨大异能之力的“王”。他们将自己的力量分给族人们，并与族人们共同组成王族。青色结晶的秩序、暴走的赤色之炎、白银的不变光辉、以及绿色分支的变革。持有各种属性的“王”们如今—— 率领青之王族“Scepter 4”的“青之王”宗像礼司担负着众多的重责。处在“黄金之王”国常路大觉管理下的御柱塔，以及诞生了“王”的神秘圣遗物——德累斯顿石盘，如今也处在宗像礼司的管辖下。此外，再加上由于杀死先代“赤之王”周防尊而产生的“弑王”的负担。 另一方面，赤之王族“吠舞罗”的族人栉名安娜，经历绿之王族“jungle”发动的御柱塔袭击之后，作为新的“赤之王”而觉醒，与“吠舞罗”的同伴们再度结下强固的羁绊。 此外，白银的族人NEKO和夜刀神狗朗坚信“白银之王”伊佐那社仍然存活，寻找着他的下落。 但寻找“白银之王”的并不只有他们而已。“绿之王”比水流也在寻找—— 以活性化的“jungle”的行动为契机，“王”们的命运再度重合。
闵宽弘
回复 :14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。
